Op elke school van Comenius is een eigen deelraad actief. Deze raad richt zich op het beleid dat specifiek geldt voor die vestiging. In de deelraad zitten vertegenwoordigers van het personeel, ouders en leerlingen. Samen bewaken zij de belangen van hun achterban.

De deelraad denkt actief mee over nieuw beleid, bespreekt de uitvoering en beoordeelt achteraf of het beleid goed heeft uitgepakt. De samenstelling is evenwichtig geregeld: het aantal personeelsleden is altijd twee keer zo groot als het aantal ouders en leerlingen samen. Bijvoorbeeld: bij vier personeelsleden horen twee ouders en twee leerlingen.

Voor zaken die de hele Comenius scholengroep aangaan, is er de Groepsmedezeggenschapsraad (GrMR). Daarin zitten afgevaardigden uit alle deelraden van de Comenius-scholen. Zij houden toezicht op het centrale beleid.